AFC đưa ra quy trình quyết định các hiệp hội tham gia và phân bổ các vị trí, với quyết định cuối cùng được AFC đưa ra vào tháng 11 năm 2012.[3] Những thay đổi sau đây trong danh sách các hiệp hội tham gia có thể được thực hiện từ AFC Cup 2012 nếu AFC chấp thuận các ứng dụng sau đây được thực hiện bởi bất kỳ hiệp hội nào:

• Một hiệp hội ban đầu tham dự AFC Cup có thể được tham dự AFC Champions League 2013. Một hiệp hội có thể tham gia cả AFC Champions League và AFC Cup nếu hiệp hội đó chỉ đáp ứng một phần tiêu chí của AFC Champions League.
• Một hiệp hội ban đầu tham dự AFC President's Cup 2013 có thể được tham dự AFC Cup 2013.

Những thay đổi sau đây trong các hiệp hội tham dự đã được thực hiện so với năm trước:

• Các đội thua vòng loại AFC Champions League không được tham dự AFC Cup.
• Tajikistan được thăng hạng từ AFC President's Cup lên AFC Cup bắt đầu từ năm 2013 bởi AFC.[4]

Mỗi hiệp hội sau đây được phân bổ hai suất:

• Đội 1 (đội vô địch giải quốc nội) của mỗi hiệp hội được vào vòng bảng.
• Đội 2 (đội vô địch cúp quốc nội hoặc á quân giải quốc nội) của mỗi hiệp hội hoặc được vào vòng bảng hoặc vòng loại, tuỳ thuộc vào đánh giá của AFC.